Полынь горькая включена в фармакопеи более 20 стран, в том числе присутствовала в фармакопее СССР. Полынь горькая содержит горькие гликозиды абсинтин и анабсинтин, обладающие стимулирующим пищеварение, противовоспалительным и противоязвенным действием, эфирное масло, проявляющее бактерицидное и фунгицидное действие, дубильные, слизистые и смолистые вещества, каротин, витамины C, K и другие соединения.

В литературе содержатся сведения о биологической активности насыщенных углеводородов, выделенных из эфирных масел полыни. По предварительным экспериментальным данным, они оказывают бактерицидное действие. Ненасыщенный углеводород капиллин обладает фунгицидными свойствами и эффективен при заболеваниях, вызываемых патогенными грибками. Японские исследователи относят капиллин, выделенный из полыни, к активным антибиотикам.

Содержащиеся в растении терпеноидные соединения оказывают выраженный противовоспалительный эффект, стимулируют функции ретикулоэндотелиальной системы и фагоцитарную активность клеток крови.

Полынь обыкновенную используют в качестве средства, улучшающего процессы пищеварения за счёт стимуляции нейрорецепторов слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта, возбуждения аппетита, стимуляции функции пищеварительных желёз, секреции желчи и панкреатического сока, а также как лёгкое снотворное, седативное, ветрогонное средство. При бронхитах, пневмонии применяют как потогонное и противокашлевое средство.

Врач-натуропат из США Гилда Кларк широко применяла полынь в программах дегельминтизации и отмечала, что экстракт травы полыни горькой оказывает противопаразитарное действие широкого спектра, особенно в отношении круглых гельминтов (аскариды, острицы и т. д.).

Содержится в фитоформулах: Био-Клинзинг комплекс (Bio-Cleansing Complex)